1951年耶穌寶血女修會向政府申請興建孤兒院，接收來自寶血醫院年幼的棄嬰。孤兒院於1952年落成並投入服務。

六十年代棄嬰日漸減少，1962年修會把孤兒院申請轉為托兒所。院舍經過兩年的修葺，寶血托兒所終於1964年正式投入服務，為區內2-4歲的幼兒提供全日制的托兒服務。

八十年代，香港經濟開始蓬勃，越多女性投入社會就業。

因此社會對2-6歲托兒服務的需求日漸增加。1983年寶血托兒所獲社會福利處核准正式註冊成為全日制托兒所，為2-6歲的幼兒提供教育及照顧服務，讓雙職家長能安心上班工作。當時，托兒所更參加兼收弱能兒童服務，讓輕度弱能兒童接受融合教育。藉此發揚耶穌寶血女修會之「犧牲、修和、與弱小者同行」的精神。

1989年誕生首屆托兒所畢業生，共有32名畢業生於校內與老師一起舉行簡單而隆重的畢業典禮。

1999年5月寶血托兒所與時並進正式命名成為寶血幼兒園。

隨着歲月的增長，建築物內外已十分殘舊，需要進行徹底維修。因此幼兒園於2003年9月全面停辦，展開維修工程。

2004年 2月幼兒園完成維修工程，整個校舍換然一新。幼兒園隨即重新投入社區為大家服務，以榮主樹仁為宗旨發揚「真、善、美、靈」的理想辨學。

為配合社會的需要2005年幼兒園更增設上、下午半日制的預備班，為區內2-3歲的幼兒提供學前的常規及自理能力等訓練。

踏入千禧年，特區政府成立「協調學前服務工作小組」以協助學前幼稚園教育。2006年9月本校正式分為2-3歲「寶血幼兒園」及3-6歲「寶血幼稚園(深水埗)」兩學部。

學校在深水埗區服務五十多年，見證了社會發展及變遷。屹立至今，學校堅守「犧牲、修和、與弱小者同行」的使命，致力幫助有需要之家庭，提供幼兒照顧服務，以培育幼兒，支援家庭為己任。